臨済宗妙心寺派の寺院で、本尊は釈迦三尊像です。

徳治元年（1306）5代大友貞親〔さだちか〕が博多（福岡市）の承天寺の僧直翁智侃禅師を
開山に請じて諸堂を建立しました。
これが開基とされ、当時禅寺五山十刹の一つに数えられて寺運は隆盛したといわれています。

天正14年（1586）、島津氏の兵火に焼かれ、一時廃寺となっていましたが、江戸時代初期の
寛永10年（1633）に僧丹山が、府内城主竹中重義の援助を受けて現在地に再興しました。

広々とした境内には本堂・庫裡・仏殿・禅堂・経蔵・観音堂・山門などが立ち並んでいます。
境内には市指定有形文化財の国東塔が建てられています。

万寿寺は伝説の勇者百合若大臣の創建ともいわれ、これにまつわる民話が残っています。
野生サルで有名な高崎山に別院があります。